阜新市食品药品监督管理局内设：

办公室（科技信息科）
法制科
食品监管协调科（食安办）
食品生产监管科
食品流通监督管理办公室
食品餐饮监管科
药品注册与安全监管科
药品流通监管科
保健食品化妆品监管科
医疗器械监管科
稽查科
综合审批科
宣传应急科（投诉举报中心）
规划财务科
人事科